密苏里州立大学下设七个分院：文科和文学院、工商行政管理学院、教育学院、健康与公益服务学院、人文学科与公共事务学院、自然与应用科学院以及研究生院。

大学开设有150多种本科课程和47种研究生课程，其中有许多课程都是州内大学同类课程中一流的。本科课程有：会计学、金融学、市场学、管理学、广告与宣传、农业性商业、农业教育、动物学、艺术与设计、艺术历史、生物学、生物医学、商务教育、化学、儿童和家庭发展、土木工程、服装和纺织、社区和区域规划、计算机信息系统、计算机科学、舞蹈、娱乐管理、企业家研究、环境物理技术、环境科学和政策、伦理学和社会政策等。研究生课程有：会计学、管理研究、生物学、工商行政管理、化学、传媒、通信科学、计算机信息系统、咨询、防御和策略研究、早期儿童与家庭发展、教育管理、教育领导学、初级教育、物理疗法、植物学、植物学与农业、项目管理、心理学等。